Le Mali possède trois zones climatiques :

• les deux tiers nord du pays, entièrement désertiques, appartiennent au Sahara méridional avec des précipitations annuelles inférieures à 127 mm. Cette région est traversée par des nomades avec leurs troupeaux ;
• le centre : la région sahélienne, relativement sèche (aux pluies tropicales relativement insuffisantes), est couverte de steppe remplacée progressivement vers le sud par la savane. La vallée du Niger est cultivée grâce à certains travaux de mise en valeur : on y trouve du riz, du coton, de l'arachide, du mil, du sorgho. Une vaste étendue dans le centre du Mali est constitué par des marécages, dus aux nombreux bras du Niger ; la région soudanaise est une zone avec des précipitations de 1 400 mm par an et des températures moyennes comprises entre 24 et 32°C. Elle est, dans sa partie nord, de savane devenant de plus en plus dense et se transformant progressivement en forêt vers le sud.
• Le relief est peu accentué. Les plaines alluviales, très vastes, sont toutefois dominées par quelques plateaux calcaires et de grès (plateaux mandingues et dogon). Le point culminant du Mali est le Mont Hombori.
• Le Mali jouit d'un climat tropical sec.
• Il subit l'influence de l'harmattan, vent chaud et sec et celle de la mousson, vent humide qui apporte la pluie.

On distingue trois saisons :

• L'hivernage ou saison des pluies (de juin à octobre) est la période des activités agricoles ; Les fleuves sont navigables et la verdure s'installe partout ; les températures sont supportables (25° en moyenne);
• La saison fraîche ( novembre - février ) est la saison touristique par excellence ; toutes les pistes sont praticables ; il règne sur l'ensemble du pays une relative fraîcheur (18-20° en moyenne);
• La saison chaude et sèche (mars - juin) est la période des fortes chaleurs (38-40° en moyenne).

Les meilleurs moments pour visiter le pays sont le mois de novembre, avant qu'il ne fasse trop chaud en mars et après la saison humide. Pour descendre le Niger, novembre est un bon mois car il y a suffisamment d'eau dans le fleuve pour que les bateaux de passagers puissent circuler. En décembre et janvier, le niveau de l'eau reste aléatoire : les excursions en bateau peuvent se limiter à un saut d'un banc de sable à l'autre quand elles ne sont pas tout bonnement annulées. Novembre présente toutefois l'inconvénient d'être la haute période touristique. Si vous êtes prêt à sacrifier un peu de confort au profit du calme, partez en décembre pour voir le passage des troupeaux à Diafarabé. En somme, n'importe quelle période d'octobre à février s'avère possible, mais il faut éviter à tout prix la saison chaude, de mars à mai.