Le système de croyance originel du malien, qu'il soit bambara, peulh ou sonraï, est animiste. Cette croyance fondée sur des cultes païens selon les groupes ethniques (komo chez les bambara, kanaga chez les dogons, Nya chez les Senoufos ou holé chez les sonraïs) n'est pratiquée que par une faible proportion de la population malienne.

Environ 5 % d'animistes du sud au centre du pays s'adonnent à des pratiques rituelles traditionnelles malgré la forte implantation de l'islam dans presque toutes les zones urbaines et même rurales.
L'islam, religion pratiquée par 80 % de la population, fut introduit au Mali au VIIIème siècle. Religion prônant l'égalité entre les hommes devant Dieu, l'islam séduit d'abord les plus humbles et les marginaux (esclaves et serviteurs), puis elle s'imposa aux rois et seigneurs.

Selon l'historien arabe Ibn Khaldoun, le premier roi du Mali converti à l'islam fut Baramandama Keïta vers 1050.

La conversion de ce roi relatée par la légende fut spécifique : un marabout arabe arriva un jour chez le roi et demanda à être son hôte. Le roi le reçu et il s'installa au palais. Durant son séjour dans le pays, celui-ci fut frappé par une grande sécheresse. Alors le marabout adressa des prières à Dieu et réussit à faire tomber la pluie. Et ce fut le miracle qui porta la nouvelle foi dans le cœur du roi. Selon Djibril T. Niane " les Keïta, fondateurs du Mali, rattachent leurs origines à Jon Bilali ou Bilal Ben Rabah, compagnon du Prophète et premier Mù'addin" de la communauté musulmane."

L'islam devient très vite une institution qui a ses fondements : le coran et la souna dont la formule fondamentale est : "lâ ilâha illa allahou, Mohamadou Rassoulou Allahi" (il n'ya de Dieu qu'Allah, Mohamet est son envoyé). Les ablutions, la prière le jeûne des trente jours du mois de carême et le pèlerinage à la Mecque (pour celui qui en a les moyens) complètent la foi. La mosquée est la maison de Dieu où les musulmans prient. Le "clergé" de l'islam est constitué de l'Imam (ou almami) qui est le guide des croyants dans les prières, les sacrifices et cérémonies. Il est le chef spirituel. Puis il y a le Muezzin, le porte-voix, chargé d'appeler les fidèles à la mosquée et de reprendre à haute et intelligible voix les formules de l'imam pendant les prières.
Enfin il y a le marabout, un homme assez versé dans la connaissance du coran, jouant le rôle d'intermédiaire entre le musulman et le prophète Mahomet. Dans l'islam, la crainte de l'enfer (domaine de Satan) maintient le musulman dans le droit chemin celui du paradis de Dieu. Certains mouvements sectaires de l'islam africain sont représentés au Mali même si leur audience reste très faibles : le mouvement Tidiania et le hamallisme. Ce dernier est plus présent au Mali car il est né au lendemain de la guerre de 14-18 à Nioro du sahel où les luttes et la misère économique ont déstabilisé les populations locales.

Ainsi Cheick Hamallah, un mystique détaché des choses temporelles, s'entoure de partisans et dénonce la persécution coloniale. Sous le régime Français de Vichy, il sera déporté au Camp de Vals-les-bains et mourut le 6 janvier 1943 à l'hôpital de Montluçon de "congestion pulmonaire et crise cardiaque". Au même moment d'autres religions font leur apparition : le catholicisme et le protestantisme, et veulent marqué les populations autochtones colonisées. Politiquement la colonisation préférait une évolution de ces populations vers la doctrine chrétienne. Mais face à l'islam le christianisme aura peu de chance.

Aujourd'hui seulement 15 % de maliens, embrasse cette foi religieuse. Le fait d'apparaître comme la religion du colonisateur a incontestablement joué contre le christianisme. Toutefois les missions chrétiennes existent dans le sud et le centre du pays mais aussi à l'ouest. La plupart joue un rôle social et économique plutôt que religieux. L'un des lieux célèbres du christianisme au Mali a toujours été et reste la ville de Kita dans la région de Kayes (1ère région) où demeure la cathédrale "Notre Dame de Kita" où a lieu le pèlerinage catholique annuel au Mali.